次氯酸(HClO)的鍵角和水 (H2O)非常接近，因而更容易穿透細胞膜；次氯酸在殺菌、殺病毒過程中，不僅可作用于細胞壁、病毒外殼，而且因次氯酸分子小，不帶電荷，可滲透入菌（病毒）體內與菌（病毒）體蛋白、核酸、和酶等發(fā)生氧化反應，從而殺死病原微生物；次氯酸(HClO)和次氯酸根(ClO-)，氯元素都是+1價，都具有氧化性，等量的次氯酸的殺菌消毒能力是次氯酸根的80-100倍！
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